キリスト教勢力によるレコンキスタの進展により、1236年6月29日、カスティーリャ王国の フェルナンド3世に征服された。15世紀末、レコンキスタが完了するとイスラム勢力が イベリア半島から追われ、メスキータにはカトリック教会部分が増築された。
メスキータやユダヤ人街を含む「コルドバ歴史地区」は世界遺産に登録されている。